Com a definição dos últimos classificados da segunda fase da Copa do Brasil, a Confederação Brasileira de Futebol definiu os potes do sorteio para a terceira fase. Nesta temporada, os times da Libertadores e outros classificados antecipadamente, como o campeão da Copa do Nordeste, entram mais cedo. Restam 32 times na disputa e Ceará e Fortaleza podem se enfrentar já que estão em potes diferentes. A data do sorteio ainda será definida.
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Pote 1: Flamengo (1º), Palmeiras (2º), Grêmio (3º), Internacional (4º), Athletico (5º), Santos (6º), Corinthians (7º), São Paulo (8º), Atlético/MG (9º), Cruzeiro (10º), Bahia (11º), Fluminense (12º), Ceará (14°), Chapecoense (15º), Vasco (16º) e América-MG (17º).
Pote 2: Fortaleza (18º), Atlético/GO (19º) Red Bull Bragantino (22º), Vitória (23º), Coritiba (25º), Avaí (26º), CRB (31º), Vila Nova/GO (34º); Criciúma (42º), Remo (50º), ABC (52º), Juazeirense/BA (81º), Brasiliense (83º), Boavista-RJ (93º), Cianorte (107º) e 4 de Julho (194º).
Os 16 times melhores colocados no ranking ocupam o pote 1, enquanto as restantes ocupam o pote 2. O Ceará entrou diretamente nesta etapa da Copa do Brasil por conta do título da Copa do Nordeste 2020. Da mesma forma, o Brasiliense, campeão da Copa Verde, e a Chapecoense, que garantiu o título da Série B.
Na Copa do Brasil, não há o critério do gol qualificado fora de casa. Em caso de empate no saldo de gols, o duelo será decidido nos pênaltis. Os confrontos da próxima etapa serão definidos em sorteio, com jogos em ida e volta. Ainda não há data definida para o evento. Os mandos de campo também serão sorteados. A terceira fase vale R$ 2,3 milhões aos classificados.
